Ägypten war noch Teil des oströmisch-byzantinischen Reiches und hatte gerade ein kurzes persisches Fremdherrschaftsintermezzo (616-629) hinter sich als im Jahre 640 die arabisch-islamischen Truppen ins Land einmarschierten.
Im Auftrag des zweiten islamischen Kalifen Omar zog der Feldherr Amr Ibn al-As ein paar tausend Beduinenkriegern und Söldnertruppen in Unterägypten ein. An der Südspitze des Deltas, zwischen den alten Metropolen Memphis und Heiliopolis und in der Nähe der byzantinischen Festung "Babylon", gründeten die Araber am östlichen Nilufer ein großes Heerlager, aus dem sich die neue Hauptstadt Fustat (Altkairo, "Fustat" bedeutet soviel wie "Zelt" bzw. "Zeltlager") entwickelte.
Im Jahre 642 fiel mit Alexandria nach langer Belagerung die letzte große Stadt Ägyptens in arabisch-islamische Hand. An vielen anderen Orten war der Widerstand nur sehr gering. Vermutlich lag der Grund darin, dass viele ägyptische Christen ihre Kirche im Konflikt mit der orthodoxen Kirche in Konstantinopel sahen und sich von den Muslimen eine Befreiung von der byzantinischen Bevormundung erhofften.
Zunächst waren die islamischen Eroberer auch sehr tolerant. Hinzu kam, dass sich die islamischen Vorstellungen vom strengen Monotheismus mit den monophysitischen Vorstellungen der koptischen Kirche stärker überschnitten als die orthodoxe christliche Lehre, Jesus Christus habe zwei Naturen gehabt, eine menschliche und eine göttliche. Zu Beginn war Ägypten noch Provinz und Peripherie des Islamischen Großreiches, regiert von den Omayyaden in Damaskus und dann von den Abbasiden in Bagdad.
Von Ägypten aus begannen die Araber mit der Eroberung des Maghreb (Nordafrika). Unter der Herrschaft der Tuluniden (868 bis 905) und der Ichschididen (939 bis 969) war Ägypten unabhängig.
Zu einem Zentrum der islamischen Welt wurde Ägypten schließlich durch die Eroberung Ägyptens durch die Fatimiden im Jahre 969. Mit der Gründung von Kairo (Al-Qahira), direkt nördlich von Fustat (Altkairo) gelegen, war eine neue islamische Metropole entstanden. Kairo war nun Hauptstadt eines mächtigen islamischen Kalifats, das zeitweise auch über die heiligen Stätten in Mekka und Medina herrschte.
Die Bevölkerung Ägyptens blieb noch lange Zeit mehrheitlich koptisch-christlich und trat erst nach und nach zum Islam über. Erst ab dem späten Mittelalter hatte das land auch mehrheitlich eine islamische Bevölkerung. Ein wichtiger Grund für den Wechsel vieler Christen zum Islam war die Steuerlast. Denn abgesehen von den Almosen und Abgaben für die Armen waren die Muslime von der Steuerpflicht befreit, während die unterworfenen Völker, sofern sie nicht zu Muslimen wurden, hohe Abgaben und Steuern leisten mussten. So gab es in Notzeiten immer die Motivation, (auch) aus wirtschaftlichen Gründen den Glauben zu wechseln.
