Früh hat sich die islamische Welt nicht nur politisch, sondern auch religiös gespalten. Die zwei Hauptrichtungen bzw. Hauptkonfessionen des Islams sind die Sunniten und die Schiiten.
Die Schiiten berufen sich auf den Schwiegersohn des Propheten: Ali Ibn Abi Talib, der mit der Tochter des Propheten, Fatima, verheiratet war. Er war der vierte Kalif nach dem Tode des Propheten. Ihrer Meinung nach dürfte der oberste geistliche Führer der Muslime nicht gewählt werden, sondern müsse von Ali abstammen. Ali und seine beiden Söhne Hassan und Hussein hätten nach dem Glauben und Wunsche ihrer Anhänger eine Dynastie von Kalifen begründen sollen, die der islamischen Bewegung als Führer vorangehen sollte. Diese Führer werden als Imam bezeichnet. Doch die Gegner der Partei Alis konnten sich durchsetzen. In der Schlacht von Kerbela (im Jahre 680) wurden Hussein und seine Anhängerschaft niedergemetzelt. Dieses Ereignis führte zur endgültigen Spaltung zwischen Sunniten und Schiiten.
Heute leben die meisten Schiiten im Iran, Aserbaidschan und im Süden Iraks, zum Teil auch im Libanon. In Ägypten waren die Muslime in der Mehrheit stets Sunniten. Auch die Herrscherhäuser waren zumeist Sunniten. Nur die Herrscher der Fatimiden-Dynastie in Ägypten (969 bis 1171) waren Schiiten bzw. ismailitische Schiiten.